Manhattan Project ist, nach Duke Nukem II, der dritte für den PC erschienene Side-Scroller des Dukes. Dieser wurde allerdings nicht von 3D Realms, sondern Sunstorm entwickelt und war der erste Side-Scroller vom Duke, der komplett in 3D-Optik erschien. Die Geschichte des Spiels knüpft nicht an die Ereignisse von Duke Nukem 2 oder 3D an, sondern orientiert sich viel mehr an Dukem Nukem, was einen leichten Wiedererkennungswert erzeugt. Manhattan Project ist ein gelungener Plattformer. Die acht Episoden, die gut designten Levels, die abgefahrenen Endgegner, der rockige Soundtrack und der mitgelieferte Leveleditor treiben die Motivation an und machen die kurze Spielzeit allemal wett.